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 東京都学校歯科医会は、昭和23年、「学校歯科保健に関する調査研究を行い、次代を担う日本国民の健全な発育発達に寄与すること」を目的として設立されました。
 同年、戦後の新体制のもと発足した東京都教育委員会と本会は、以後、学校歯科保健の担い手として緊密な連携のもとに、保健活動を展開して参りました。
 昭和54年には社団法人の認可を受け、その後の公益法人制度の改正により平成25年から一般社団法人となり、現在では東京都内の学校歯科医で組織されている51団体の加盟により2,000名を超す会員を有する組織として活動しております。
 昭和36年、第1回の児童生徒の「歯の作文」募集および表彰事業を開始しました。
 昭和40年、第1回東京都学校歯科医大会(現在の東京都学校歯科保健研究大会)を開催し、以後学校歯科保健活動の要として研究成果の発表や各種表彰を行っております。
 平成21年には創立60周年を迎え、多くの学校歯科医の皆様、学校保健関係者協力をいただき、微力ながら東京都の児童生徒の歯・口の健康の保持増進のための保健活動を展開しております。
 学校歯科保健活動は、かつて昭和50年代には児童生徒の口腔の環境が「むし歯の洪水」状態であったため、むし歯の早期発見、早期治療を前提とした保健管理が中心でしたが、平成元年の学習指導要領の改訂や平成7年の学校保健法施行規則の一部改正=歯・口の健康診断票の改正=等々をうけて、現在は保健教育を中心とした歯科保健活動に変容し、各地区の学校歯科医の方々や保健関係者の方々の努力により世界でも類を見ないほどのきめ細かな保健活動が展開できるようになって参りました。
 本会では学校歯科医の保健活動を円滑にかつ効果的に展開出来るように、東京都教育庁をはじめ教育関係者との連携を図りながら、新しい学校歯科保健目標の達成に向けて次の事業を展開しています。

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